حفاظت از درختان و فضای سبز، یکی از مسائل مهم در هنگام طراحی و ساخت پل طبیعت بود.
از آنجاییکه در هر دو سمت پل طبیعت (پارک طالقانی و پارک آب و آتش) درختان زیادی وجود داشت، در هنگام طراحی و ساخت پل تلاش بر این بود که محل ستون‌ها، نقاط ابتدا و انتها، محلی باشد که کمترین درخت و فضای سبز قرار گرفته باشد.
همچنین تعداد ستون‌ها و نقاط اتکا روی زمین جهت مداخله کمتر در طبیعت، به کمترین تعداد طراحی و اجرا گردید.