از مهمترین مشکلات ساخت پل طبیعت می‌توان به موارد زیر اشاره نمود.
با توجه به آنکه بزرگراه مدرس یکی از مهمترین بزرگراه‌های تهران است امکان بستن آن نبود، لذا انجام عملیات عمرانی را بسیار دچار مشکل نمود.
جوشکاری و مونتاژ در ارتفاع 40 متری بر فراز اتوبان مدرس در کنار باران و برف زمستان و گرمای تابستان، کار تکنسین‌ها و مهندسان را بسیار سخت نمود.
تحریم‌هایی که کشور درگیر آن بود، تامین متریال را دچار مشکل نمود.